わが国では、キルビー事件最高裁判決以降、積極的に特許無効の主張がなされるようになった。そして、平成16年特許法改正により特許法104条の3が導入され、その法的整備がされた。しかし、現行制度は特許権者にとって厳しい状況ともいえる。また、特許権者は権利行使をするために適正な対応を求められる。手続きに関する事項ではあるため画一的な処理が望ましいが、具体的な法律はなく未だ議論がされている。そこで、本研究は特許侵害訴訟における特許法104条の3の抗弁を受けた特許権者が、それを否定し又は覆すための訂正の主張の扱いについて検討する。そして、紛争の合理的解決を成し遂げるために改善策を挙げる。