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大阪工業大学 情報科学部 情報システム学科　宇宙物理・数理科学研究室（真貝）

計算機環境

2018/1/25　updated

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• 計算機環境について
• このマシンにだけこのソフト
• 個人で行うべき設定
• Linuxの環境設定について
• Macintoshの環境設定について
• Tips: とりあえず動画

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計算機環境

固定IPアドレス，DHCPアドレス各31台分の他，ゼミ室周辺10mに無線LANを張っています．無線LAN名はAstrophysicsGroupです． パスワードはグループの誰かに聞いてください．

機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
AirMac Base Station		MathematicalSciences		AirMac	無線LAN	513室	2012
AirMac Base Station		AstrophysicsGroup	31	AirMac	無線LAN	1513室A	2008
I-O Data, NAS	3TB	BlackHole	22		データ共有	1513室A	2010
Buffalo LS420, NAS	2TB	WhiteHole	10		データ共有.bk	513室	2014
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
プリンタ Canon LBP3410		-	6	ドライバ Win/Mac	研究室共用	1513室B	2006	1枚3.7円
プリンタ Epson PM-T960		-	7	ドライバ Win/Mac	研究室共用	1513室B	2008	1枚20.1円
プリンタ Oki C531dn		-	8	ドライバ Win/Mac	研究室共用	1513室B	2012	C12.2円，M3.0円
プリンタ Epson PX-B750F		-	-	-	教員用	513室	2014
プリンタ Canon MF-722Cdw			39	ドライバ	教員用	513室	2016
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, 特注	Core i7 6850K 3.6GHz, 64GB	Newton	5	Ubuntsu	研究専用24	1513室	2016
PC, 特注	Core i7 3.33GHz, 24GB	Landau	2	CentOS	研究専用24	1513室	2010	廃棄
PC, 特注	Core i7 3.33GHz, 24GB	Lifshitz	3	CentOS	研究専用24	1513室	2010	廃棄
PC, Bakusoku-D/P45	Core 2Quad 3GHz, 8GB	Einstein	21	CentOS	研究専用24	1513室A	2009	廃棄
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, Lifebook A574/K	Core i5 2.7GHz, 4GB, 320GB		DHCP	Win8.1	研究室共用	共用	2015
PC, Lifebook A561/C	2GB		DHCP	Win7	研究室共用	共用	2011
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, ESPRIMO D583/K	Core i3 3.7GHz, 4GB	Oppenheimer		Win8.1	学生個人用		2015
PC, ESPRIMO D583/K	Core i3 3.7GHz, 4GB	Snyder		Win8.1	学生個人用		2015
PC, ESPRIMO D583/K	Core i3 3.7GHz, 4GB	Kerr		Win8.1	学生個人用	安倍	2015
PC, ESPRIMO D583/K	Core i3 3.7GHz, 4GB	Bekenstein		Win8.1	学生個人用		2015
PC, ESPRIMO D583/K	Core i3 3.7GHz, 4GB	Kruskal		Win8.1	学生個人用		2015
PC, ESPRIMO D583/K	Core i3 3.7GHz, 4GB	Israel		Win8.1	研究室共用		2015
PC, ESPRIMO D552/H	Core i3 3.4GHz, 4GB	Boltzmann		Win8	学生個人用		2014
PC, ESPRIMO D552/H	Core i3 3.4GHz, 4GB	Pascal		Win8	教員用		2014
PC, ESPRIMO D552/H	Core i3 3.4GHz, 4GB	Coulomb		Win8	学生個人用	山本	2014
PC, ESPRIMO D552/H	Core i3 3.4GHz, 4GB	Huygens		Win8	学生個人用	大塚	2014
PC, ESPRIMO D552/H	Core i3 3.4GHz, 4GB	Doppler		Win8	学生個人用		2014
PC, ESPRIMO D552/H	Core i3 3.4GHz, 4GB	Lorentz		Win8	学生個人用	岡田	2014
PC, ESPRIMO D550/B	Core2 D 2.93GHz, 2GB	Schwarzschild	DHCP	Win7/Linux	研究室共用		2011
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Robertson	--	Win7/Linux	学生個人用		2012	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Walker	--	Win7/Linux	学生個人用		2012	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D550/B	Core2 D 2.93GHz, 2GB	Curie	DHCP	Win7/Linux	3年用+研究用		2011	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D550/B	Core2 D 2.93GHz, 2GB	Wheeler	30	Win7	研究室共用	1513室A	2011	引退予定
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
Apple, MacBookPro		-	DHCP	MacOS 10.11	山本		2016
Apple, MacMini	2.6GHz dual Intel Core i5, 8GB, 1TB		24	MacOS 10.10 yosemite	学生共用	1513室A	2015
Apple, MacMini	2.6GHz dual Intel Core i5, 8GB, 1TB	MacMini2015	12	MacOS 10.10 yosemite	教員用		2015
Apple, MacMini Intel			DHCP	MacOS 10.8	学生共用	1513室A	2012
Apple, iMac		iiiMac	4	MacOS 10.7	教員用	513室	2011
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Friedman	11	Win7/Linux	教員用		2012
PC		gmunu	2++local	TurboLinux 10		513室	2002	廃棄
PC		kmunu	2++local	TurboLinux 10		513室	2002	廃棄
PC		rmunu	2++local	TurboLinux 10		513室	2002	廃棄
機種	スペック	マシン名	IP末尾	OS	用途	設置場所	購入年度	備考
PC, FMV-7000TX		gravity1-8	xx			廃棄	移籍	2010年度廃棄
PC, FMV-C600		Copernicus	xx			廃棄	2003/移籍	2010年度廃棄
PC, FMV-C610		Galilei	xx			廃棄	2004	2010年度廃棄
PC, FMV-S8205		-	xx			513室	2005	2010年度廃棄
PC, FMV-C5200		Fermat	xx			IC科	2005/移管	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Eddington	xx			IC科	2005	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Friedman	xx			IC科	2005	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Penrose	xx			IC科	2005	IC科に移管
PC, FMV-C5200		Leibnitz	xx				(2005/移籍)	2012年度廃棄
PC, FMV-C5200		null					2005	2012年度廃棄
PC, FMV-C5200		Hubble	xx				2005	2012年度廃棄
PC, FMV-D5220		Euler	xx				2006	2014年度廃棄
PC, FMV-D5220		Hamilton	xx				2006	2014年度廃棄
PC, FMV-D5220		Newton	xx				2006	2014年度廃棄
PC, FMV-D5220		Lagrange	xx				2006	2014年度廃棄
PC, FMV-W5240	Pentium 3GHz, 3GB	Tycho	19	TurboLinux Fuji			2007	2015年度廃棄
PC, FMV-W5240	Pentium 3GHz, 3GB	Kepler	20	TurboLinux Fuji/WindowsXP			2007	2015年度廃棄
Apple, MacMini Intel		Wheeler	xx	MacOS 10.4			2007	2015年度廃棄
PC, FMV-C8250	2GB		xx				2008	2016年度廃棄
Apple, MacMini Intel		Riemann	xx	MacOS 10.5 -> 10.6			2008	2016年度廃棄
Apple, MacMini Intel		Weyl	xx	MacOS 10.5			2008	2016年度廃棄
PC, FMV-D5280	Pentium 2.5GHz, 2GB	Bohr	xx	WinVista			2009	2016年度廃棄
PC, FMV-D5280	Pentium 2.5GHz, 2GB	Planck	29		教員用		2009	2016年度廃棄
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Yukawa	--	Win7 / Vine			2010	2016年度廃棄
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Tomonaga	--	Win7 / Vine			2010	2016年度廃棄
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Nambu	--	Win7 / Vine			2010	2016年度廃棄
PC, FMV-D5290	Pentium 2.6GHz, 2GB	Hayashi	--	Win7 / Vine			2010	2016年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/F	Core i3 3.3GHz, 4GB	Schroedinger		Win7/Vine	学生個人用		2013	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/F	Core i3 3.3GHz, 4GB	Maxwell		Win7/Vine	学生個人用		2013	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/F	Core i3 3.3GHz, 4GB	Penrose		Win7/Vine	学生個人用		2013	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/F	Core i3 3.3GHz, 4GB	Heisenberg		Win7/Vine	学生個人用		2013	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/F	Core i3 3.3GHz, 4GB	Feynman		Win7/Vine	学生個人用		2013	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/F	Core i3 3.3GHz, 4GB	Hawking		Win7/Vine	学生個人用		2013	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Eddington	--	Win7/Linux	3年用+研究用		2012	2017年度廃棄
PC, ESPRIMO D551/D	Core i3 3.3GHz, 4GB	Lemaitre	--	Win7/Linux	学生個人用		2012	2017年度廃棄

• IPアドレスは，webでは公開しない．研究室にて確かめること．
• 学生共用としたマシン(Linux)にはすべて，情報ゼミ生・卒業研究生のアカウントが設定されています．
  Windowsの場合，特に個人のアカウントは設定していません．
• 学生個人用としたマシンは，卒研生/情報ゼミ生が個人のマシンとして1台づつ管理しているマシンです．
• Linux機は，他の人がバックグラウンドで計算を流している場合があるので，自分で起動させた時以外は，むやみにシャットダウンしないでください．（「セッション終了」でログオフのみ）

• 今後，順次，Linux起動可能なマシンを整備し，Linuxを中心的なOSとしたい．（本当は，Macintoshにしたい）
• すべてのWindowsマシンには，Officeソフトウェア，秀丸，platex環境, Firefox がインストールされている．
• 一部のWindowsマシンにはMathematica 4.2 がインストールされている．
• TurboLinuxマシンのインストールと設定方法についての真貝の覚え書きはここ．

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このマシンにだけこのソフト

ライセンスの関係で，以下のものは，以下のマシンにのみインストールしてある．

ソフトウェア	マシン名	備考
AVS/Express 7.2	Tycho	KGT社　サポートページ 利用するには，.tchrcファイルの環境設定が必要です． 起動コマンドは，express -viz　または express

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個人で行うべき設定

マシンが決定したら，次の設定をしてください．

• マシンに付属しているCDで，ハードディスクを初期化し，OSを入れ直す．WindowsとLinuxの２ブートマシンにするなら， Windowsを先にインストールする．
• Windowsのインストール
  • rootアカウントは，いざというとき，研究室の他の人が入れるように，共通パスワードを設定．
  • 自分のアカウントを作り，すべての作業をすること．
  • インターネット環境が使えるように設定する．DHCP接続．プロキシは自動検出．
  • OSのアップデートを行う．
  • 研究室内LANで，共通マシンのフォルダが見られるように設定．AstroPhysがネットワーク名．
  • CanonとOKIのプリンタが使えるように，ドライバを設定する．
  • MS Officeをインストールする．ポータルサイトにログインして右下のところに「MSソフトウェアインストール」マニュアルがあるので， それに従ってダウンロードしてインストールし，アクティベーションする． （Office 2013の古いインストーラは，研究室内のBlackHoleにある．）
  • MS Officeをインストールする．ポータルサイトにログインすると右下のところに「MSソフトウェアインストール」マニュアルがあるので， それに従ってダウンロードしてインストールし，アクティベーションする．
  • Adobe Creative Cloud をインストールする．ポータルサイトにログインすると右下のところに「Adobe Creative Cloudインストール」マニュアルがあるので， それに従う．（AcrobatやIllustratorなど，必要になってからでよい．）
  • latexや秀丸もインストールした方が便利でしょう．
• Linuxのインストール
  • rootアカウントは，いざというとき，研究室の他の人が入れるように，共通パスワードを設定．
  • インターネット環境が使えるように設定する．DHCP接続．プロキシは自動検出．
  • OSのアップデートを行う．
  • プリンタが使えるように，ドライバを設定する．
  • gnuplotもインストールした方が便利でしょう．
  • 必要に応じて，Intel C++/ Intel Fortranもインストールしてください．大学での利用（非商用）ならば無料です．（下記参照）

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Linuxの環境設定

• 共通マシンにはじめてloginした時
  1. パスワードを初期設定から変える．ターミナル画面を出して，

     passwd

     をする．
  2. webブラウザを使うときは，大学のproxy serverを設定しないと外部のページが表示されないので注意．
  3. メールのダウンロードの設定では，ダウンロード時に，元のサーバーのメールを消去しないようにしておくと良い．

• shellの変更
  デフォルトでは，tcshにしてある．違うshellにしたければ，

  chsh
  

  でどうぞ．

• 環境設定ファイルの基本
  tcshシェルは，ターミナル起動時に，.tcshrcファイルを読み込むので，そこに環境設定や，良く使う省略形のコマンドを 書き込んでおくのが良い．ただし，マシンによってファイルをいちいち作るのが面倒なので， 自分で良く使う省略形のコマンドは，別のファイルにまとめておき，.tcshrcより読み込めば良い．

  例えば，「ls」コマンドをいつも「ls -p」として使ったり，「ls -lt」をいつも「lt」に短縮してタイプしたいときなどは，

  alias ls      'ls -p'
  alias l       'ls -lFlags'
  alias lt      'ls -lt'
  alias ltm     'ls -lt | more'
  

  という内容のファイルをつくり（例えば，.aliases と名付けて保存），.tcshrc ファイルの最後に

  source ~/.aliases
  

  と書き込んでおけばよい．

• ソフトウェアのインストール
  Linuxに関しては，必要と思われるソフトウェアは各自でインストールしてもらって構わない．特に卒業研究用の個人マシンについては， すべての管理を個人任せにするので，rootアカウントを駆使してソフトウェアのインストールを試してもらいたい．
  • よく必要となるのは，C++/Fortranのコンパイラである．最近のlinuxではgccがデフォルトで入るが，パフォーマンスを上げたいのであれば， Intel社が配布しているコンパイラをインストールするのがよい．大学などの非商用ユースであれば無償である． non commercial use へ進み，必要な手続きをすればよい．
  • 計算したデータをグラフにしたいときに便利なのが，gnuplotである． 最近は日本語マニュアルも充実してきた．
  • おおまかなインストールの流れは，
    1. ダウンロードしたものを解凍・展開する．
    2. READMEファイルを読む．
    3. たいていの場合，

       ./configure

       することでMakefileが生成される．
    4. たいていの場合，

       make install

       することでインストールが実行される．
• Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンkepler以外のTurbolinux) 【この情報は古いので，参考程度に】
  Intelコンパイラを使うときは，自分の環境で実行ファイル（icc/ifort）が 登録されるように，次のように .tcshrc (.cshrc) ファイルに書いておくと良い．

  # intel compilers
  source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.csh intel64
  source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars.csh intel64
  

  あるいは，bashを使うときは，.bashrcファイルに次のように書く．

  # intel compilers
  source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.sh intel64
  source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.10.319/bin/compilervars.sh intel64
  

• Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンkeplerのみ)　【この情報は古いので，参考程度に】
  Intelコンパイラを使うときは，自分の環境で実行ファイル（icc/ifort）が 登録されるように，次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い．

  # intel compilers
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ia32/ifortvars_ia32.csh
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/ia32/iccvars_ia32.csh
  

  11.0/083の番号は，versionを表し，version up等によって異なる場合があるので，書き直す前に

  ls /opt/intel/Compiler/11.0/
  

  などとして，インストールされているversionを確かめてからがよい．

• Intel C/Fortranコンパイラを使うために (マシンEinsteinのみ)　【この情報は古いので，参考程度に】
  Intelコンパイラを使うときは，自分の環境で実行ファイル（icc/ifort）が 登録されるように，次のように .tcshrc ファイルに書いておくと良い．

  # intel compilers
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/ifortvars_intel64.csh
  source /opt/intel/Compiler/11.0/083/bin/intel64/iccvars_intel64.csh
  

  11.0/083の番号は，versionを表し，version up等によって異なる場合があるので，書き直す前に

  ls /opt/intel/Compiler/11.0/
  

  などとして，インストールされているversionを確かめてからがよい．

• AVS/Express を使うために
  以下のものを .tcshrc ファイルに書き込んでおく必要があります．ただし，xxx.xxx.xxx.19　の所は，正しいIPアドレスに 直して下さい．

  # -----------------------------------------  AVS/Express 200802 --->>>>
  setenv XP_FEATURE EXPRESS
  setenv XP_LICENSE_SERVER xxx.xxx.xxx.19:33333
  setenv MACHINE linux
  #setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/express/lib/linux
  setenv LD_LIBRARY_PATH /usr/local/express/lib/linux:/usr/local/express/lib/linux/missing/
  #setenv LD_LIBRARY_PATH "/usr/local/express/lib/linux:/usr/local/express/lib/linux/missing/:$LD_LIBRARY_PATH"
  setenv PATH /usr/local/express/bin/linux:$PATH
  setenv XP_LANG C 
  setenv LANG C
  

• sshでマシンにアクセス
  1. ターミナル画面から，

     ssh myname@machine_name

     とすれば，machine_nameのLinuxマシンに，mynameのアカウントでログインできる．（当然パスワードが必要）
  2. 研究室内のマシン同士であれば，/etc/hostsにマシン名が登録されているので，null や lagrangeなど，愛称をつけて，

     ssh myname@null

     などで，この操作が可能である．
  3. 自宅から研究室のマシンにアクセスするときは，情報センターのVPNサービスを用いて接続した後に，自宅のマシンから，

     ssh myname@xxx.xxx.xxx.xxx

     とIPアドレスを指定すればよい．

• sftpでファイル転送
  ファイルを転送するときは，sftpを使える．

  sftp myname@machine_name

  としてログインした後に，cd　や　lcd　で相手先や自分のディレクトリを指定した後　get filename　とか　put　filename　など．

• プリンタ設定
  Canon LBP3410を設定．

  ここから「LIPS4 Printer Driver for Linux Version 1.50」を 選び，rpmパッケージの「CUPSドライバ共通モジュール インストールパッケージ(32bit)」を選択してダウンロード．rpmパッケージをインストールし，コントロールセンターで，プリンタを新規登録．その際，プリンタ名には空白を入れない．LIPS IVをドライバとして選択．

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Macintoshの環境設定

新しくMacintoshが来たとき，研究に使うためにすべきこと．（MacOS Yosemite, 2015/7 現在）

1. AppStoreでOSを最新のものにする
2. MacOfficeをインストールする．大学のサイトから手に入るインストーラーを使う．インストール後，アップデートして最新版にする．
3. プリンタを設定する．必要ならばドライバをインストールして印刷まで確認．
4. ルートパスワードを設定する．デフォルトでは設定されていないので，自分で設定する．ここ参照
5. Xcodeをインストールする．AppStoreから．
   そして，その後，ターミナルから

   xcode-select --install

6. MacPortsをインストールする．
   そして，その後，ターミナルから ターミナルで

   sudo port selfupdate
   sudo port install nkf
   sudo port install gnuplot
   sudo port install imagemagick
   sudo port install gcc47
   sudo port install gcc49
   sudo port install xgraph
   

   として，gnuplot，gcc などを入れる．ちなみに，こうしてインストールするgnuplotは，AquaTermを使うことになるので，3次元プロットした時に座標軸をくるくる回転できない．この 対処法は，

   sudo port clean gnuplot #ビルドしたディレクトリを削除
   sudo port install gnuplot +x11 -aquaterm #X環境を追加、AquaTermを外す。
   sudo port -f uninstall inactive 
   

7. Intel Compilersをインストールする．これは有料なので，真貝にシリアル番号をたずねること．
8. 教授でもできるMac OS XへのLaTeXとTeXShopのインストレーションを参考にして， MacTeX2015をインストールする．
9. TeXshopをインストールする．
10. Jedit X Rev.2をインストールする．（有料ソフト）

そして，ときどきメンテナンスとして，ターミナルで，

• MacPortsでインストールしたものをアップデートする．

  sudo port selfupdate
  sudo port upgrade outdated
  

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Tips: とりあえず動画

• とりあえず動画
  計算結果で出力される数値ファイルを動画で見たいとき，プレゼンテーションにするならば，何らかのソフトウェアを使って 動画を生成することになるが，とりあえず安価で軽く済ませたいとき，次の方法がある．
  • xgraphを使う
    もはや開発が中止されているxgraphであるが，出力ファイルを以下のように時間ごとの(x,y)データにしておくことで， 自動で動画になるので，便利である．
    

     "time =    0.000E+00
      -0.141986E+00  -0.102413E+00
      -0.133440E+00  -0.367329E+00
       0.461066E-01  -0.553310E-01
       0.647419E-01   0.776665E-02
       0.133505E+01  -0.270139E+00
     
     "time =    0.200E+00
       0.240687E+00  -0.210997E+00
      -0.247347E+00   0.320514E+00
      -0.152906E+00  -0.176266E+00
      -0.211736E+00  -0.199768E+00
       0.111802E+01  -0.259700E+00
    

  • gnuplotを使って，gifムービーを作る．
  これは，時間ごとのスナップショットファイルを生成しておき，それをgnuplotでpng形式に変換し，さらにまとめてgifに変換する方法である． 例えば，time=00.00，time00.20, ....　という名前のファイルでデータを生成し，それぞれでgnuplotで加工してpngファイルを作る． gnuplotでは，

  set terminal png
  set output "fig00.00.png" 
  plot[-6:6][-6:6]"time=00.00" with points 20
  set output "fig00.20.png" 
  plot[-6:6][-6:6]"time=00.20" with points 20
  

  とすると，fig00.00.png, fig00.20.png という図が保存されてゆく．ファイル名は時間順になるように工夫しておくと良い． あらかじめコマンドを書いたファイル gnuplot_load.txt を用意して，gnuplotで，

  load "gnuplot_load.txt"
  

  としても良い． pngファイルをまとめてgifにするには，

  convert -loop 0 -delay 10 fig*.png test01_xy.gif
  

  -loop 0 は無限繰り返し，-delay 10 は0.10 秒間隔でのコマ送りになる．

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